İslam bilincinin uyandırılması ve Müslüman Boşnakların ülkedeki diğer halklarla eşit sayılması için gençlik yıllarından itibaren mücadele eden İzetbegoviç, Sırp ve Hırvatların Bosna Hersek'i aralarında paylaşmak amacıyla 1990'larda başlattığı saldırılarda da ülkesinin bağımsızlığını korumayı başardı.

Aliya İzetbegoviç, Mustafa ve Hiba çiftinin beş çocuğundan biri olarak 8 Ağustos 1925'te Bosanski Samac şehrinde doğdu. 3 yaşındayken ailesiyle Saraybosna'ya taşınan ve eğitimini burada tamamlayan İzetbegoviç, daha gençlik dönemlerinde Müslüman nüfusa yönelik ayrımcılıklara karşı çıkan isimler arasında yer aldı.

İkinci Dünya Savaşı devam ederken, Hırvatistan'daki faşist Ustaşa rejimi Bosna Hersek'i ilhak ederek burada Bağımsız Hırvatistan Devleti'ni (NDH) kurdu. Ülkedeki Müslümanlar "Hırvat" ilan edilirken, Yahudi, Sırp ve Romanlar büyük zulümlere maruz kaldı. Müslüman Boşnaklar ile rejimle aynı fikirde olmayan Hırvatlar da bu zulümden nasibini aldı. Diğer yandan, "ırkçı" Sırpların oluşturduğu Çetnik hareketi de etkin olduğu bölgelerde Müslümanları katletmeye başladı. Çetniklerin ana hedefi, Sırp olmayan tüm milletleri bu coğrafyadan tamamen temizlemekti.

İzetbegoviç, eski Yugoslavya Krallığı döneminde, ana amacı ülkedeki Müslüman Boşnakları dini ve milli konularda bilinçlendirmek olan "Genç Müslümanlar" isimli oluşumun öne çıkan isimleri arasında yer aldı. Bu hareket, Müslümanların ülkedeki diğer etnik ve dini gruplarla eşit haklar elde etmesini amaçladığı gibi, Çetnik ve Ustaşaların yıktığı Müslüman evlerinin ve camilerin yeniden inşası için çalışıyordu.

İlk hapis cezası
İkinci Dünya Savaşı'nın akabinde kurulan Yugoslavya Federal Halk Cumhuriyeti, faşizme galip gelse de dini ve milli konularda Müslüman Boşnakların sorunlarına çözüm olmadı. Aralarında İzetbegoviç'in de bulunduğu "Genç Müslümanlar" oluşumunun bazı üyeleri, "din bilincinin uyandırılması" yönündeki faaliyetleri nedeniyle 1946'da tutuklandı. 21 yaşındaki İzetbegoviç, 3 yıl hapis cezası aldı.

Cezaevinden çıktıktan sonra ziraat fakültesine kaydolan İzetbegoviç, 2 yıl sonra ise hukuk fakültesine geçip buradan mezun oldu.

Halida ile 1949'da evlenen İzetbegoviç'in Leyla, Sabina ve Bakir adlarında üç çocuğu oldu.

Marksist-Leninist görüşlere sahip Josip Broz Tito liderliğindeki eski Yugoslavya döneminde de insan hakları mücadelesini sürdüren İzetbegoviç, "Preporod", "Takvim" ve "Glasnik" gibi gazete ve mecmualarda kimliğini ifşa etmeden yazılar yazdı. İzetbegoviç yazılarını, çocuklarının baş harflerinden oluşan "LSB" mahlası ile yayımladı.

İslam dünyasının içinde bulunduğu durumla yakından ilgilenen İzetbegoviç, 1960'larda yazmaya başladığı "İslam Deklarasyonu" isimli eserini 1970'te yayımladı.

"Saraybosna Süreci" ve ikinci hapis dönemi
Tito'nun 1980'de ölmesiyle Yugoslavya'da aşırı milliyetçi söylemler yeniden ortaya çıktı. O yıllarda ceza kanununa "ifade suçu" da eklendi. İzetbegoviç, yazdığı "Doğu ve Batı Arasında İslam" isimli eseri yayımlanmadan hemen önce, 1983'te beraberindeki 12 Müslüman aydınla tutuklandı.

"Saraybosna Süreci" olarak adlandırılan tarihi dava başladı. İzetbegoviç ve diğer Müslüman aydınlar, ifade suçundan ve organize örgüt kurarak düşmanca faaliyette bulunmaktan suçlu bulundu. İzetbegoviç'in mahkumiyet kararı, "İslam Deklarasyonu" isimli kitabındaki ifadelerine dayandırıldı. İzetbegoviç, 14 yıl hapse mahkum edildi.

Cezaevinde geçirdiği dönemde de yazmayı sürdüren İzetbegoviç, "Özgürlüğe Kaçışım - Zindandan Notlar: 1983-1988" isimli eserini burada kaleme aldı.

İzetbegoviç, 1988'de afla serbest kaldı.